La Contraloría General de la República le dio un fuerte golpe al candidato presidencial de la derecha, Sebastián Piñera, luego que confirmara que las listas de espera de atención en el Hospital San José fueron reducidas artificialmente durante el 2013, periodo en que se desempeñaba como jefe de Estado.

Un reportaje de Ciper Chile señala que tras cuatro años de investigación del ente fiscalizador, se estableció que debían ser destituidos el ex director del Hospital San José, de la comuna de Independencia, Raúl Vásquez, y del ex encargado de la Clínica-Policlínico Maruri, Rodrigo Gutiérrez.

Las razones por las que se pedía la salida de Gutiérrez es porque a esa clínica eran derivados los pacientes del San José que necesitaban ser atendidos por especialistas y se comprobó que esta situación no se daba, sino que por el contrario los nombres eran borrados de los registros y no eran tratados por los médicos.

Gutiérrez presentó sus descargos, indicando que tuvo cuatro días para equipar y contratar al personal que atendería la Clínica Maruri, el cual iba a ayudar a cumplir la promesa presidencial de Piñera de reducir las listas de espera en el plan AUGE y no AUGE.

En noviembre de 2011, Piñera junto a su ministro de Salud, Jaime Mañalich, anunciaban con bombos y platillos el fin de las listas de pacientes de AUGE, pero la Contraloría objetó este logro de la administración del ahora candidato, argumentando que la reducción fue administrativa y no con pacientes que fueran efectivamente tratado de sus enfermedades. Se retrasó «de manera inexcusable» la eventual solución a problemas médicos.

El documento de la Contraloría señala que los pacientes no AUGE llegaban a la Clínica Maruri donde eran examinados por médicos generales en lugar de especialistas, dándose por atendido el paciente.

El sumario del ente fiscalizados señala que «un alto porcentaje de pacientes No Auge, inscritos en el Registro Nacional de Lista de Espera (RNLE), fueron eliminados de este repositorio por haber sido supuestamente atendidos en el citado centro médico (Maruri), no obstante encontrarse irresoluta su patología, debiendo ser reingresados en lista de espera, retardando de manera inexcusable la eventual solución a sus problemas médicos, con grave afectación de sus derechos«.

La investigación de Contraloría también descubrió otras irregularidades como el pago de médicos sin comprobar que las prestaciones efectivamente se hubiesen realizados en dicho establecimiento médico.